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微生物指標是衡量食品安全較常見、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定數量的微生物，不僅會使食物變質、腐敗、失去營養價值，而且還會危害人類的健康和安全。

非致病菌：菌落總數，大腸菌群，大腸桿菌，乳酸菌，霉菌，黃曲霉素，大腸桿菌和酵母菌等

致病菌：大腸埃希氏菌，沙門氏菌，志賀氏菌，金黃色葡萄球菌，溶血性鏈球菌，單核細胞增生李斯特氏菌，副溶血性弧菌等

食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。

食品微生物檢驗主要通過微生物的分離培養、生理生化反應、顯微鏡檢查等方法來對食品的微生物數量和種類進行檢測，以便對食品的質量及加工過程中的衛生情況進行可靠的評價